Centrum Onkologii w Bydgoszczy jest członkiem Federacji Wielospecjalistycznych Centrów Onkologicznych. Organizacja zrzesza przedstawicieli ośrodków onkologicznych z całego kraju. Zwolennikiem tworzenia w Polsce wyłącznie pełnoprofilowych ośrodków walki z rakiem, które mogły zapewnić opiekę na właściwym poziomie był już w latach 30 ub. wieku Franciszek Łukaszczyk- patron bydgoskiego Centrum Onkologii.

Federacja Wielospecjalistycznych Centrów Onkologicznych powstała w celu podjęcia wspólnych działań na rzecz rozwoju lecznictwa onkologicznego w Polsce, oddziaływania na kształtowanie ustawodawstwa wspierającego naukę w dziedzinie onkologii, wreszcie działania na rzecz podniesienia poziomu świadczenia usług w zakresie ochrony zdrowia.

Członkowie Federacji będą również wspólnie działać w obszarze ochrony praw i reprezentowania interesów zrzeszonych centrów onkologicznych wobec związków zawodowych, pracowników, organów władzy publicznej, rokowań z Narodowym Funduszem Zdrowia i Ministerstwem Zdrowia. Zrzeszenie najważniejszych centrów onkologicznych w Polsce w jednej Federacji, pozwoli również jej członkom na aktywny udział w procesie stanowienia prawa dotyczącego ochrony zdrowia –  doradztwo i opiniowanie tworzonych rozwiązań zwłaszcza w zakresie onkologii.

Prezesem Federacji Wielospecjalistycznych Centrów Onkologicznych został wybrany prof. Krzysztof Warzocha, dyrektor Instytutu Hematologii i Transfuzjologii w Warszawie.